L'attività dell'Ente Gestore riguarda anche le seguenti aree protette: Zona di Protezione Speciale Isole di Ponza, Palmarola, Zannone, Ventotene e S. Stefano (17.168,00 ha - 70,00 ha) Zona di Protezione Speciale Parco Nazionale del Circeo (22.165,00 ha - 30,00 ha) Zona Speciale di Conservazione Isole di Palmarola e Zannone (236,00 ha - 5,00 ha) Zona Speciale di Conservazione Laghi Fogliano, Monaci, Caprolace e Pantani dell'Inferno (1.429,00 ha) Zona Speciale di Conservazione Dune del Circeo (441,00 ha) Zona Speciale di Conservazione Lago di Sabaudia (395,00 ha) Zona Speciale di Conservazione Foresta Demaniale del Circeo (3.007,00 ha) Zona Speciale di Conservazione Promontorio del Circeo (Quarto Caldo) (427,00 ha - 2,00 ha) Zona Speciale di Conservazione Promontorio del Circeo (Quarto Freddo) (464,00 ha) Riserva MAB Circeo Zona Umida Lago di Caprolace () Zona umida Lago di Fogliano () Zona Umida Lago dei Monaci () Zona Umida Lago di Sabaudia ()