Anche il Comune di Ponza con l’Isola di Zannone fa parte dei territori del Parco Nazionale del Circeo.

Zannone è entrata a far parte del Parco nel 1979 diventandone geograficamente l’appendice insulare. Questo è servito a preservarne la folta e rigogliosa vegetazione ricca di lecci che ospitano oltre a numerose specie di uccelli anche una colonia di mufloni.

Sin dall'epoca preistorica l'isola di Zannone venne utilizzata come luogo di insediamento. Nel XIII sec. i frati benedettini seguiti dai cistercensi si stabilizzarono nel convento di Santo Spirito (del quale rimangono i resti tutt'oggi) che lasciarono però dopo poco, a causa delle continue incursioni da parte dei pirati.

Zannone, a differenza delle altre isole dell'Arcipelago pontino , frastagliate e brulle, è regolare compatta e dotata di una ricca vegetazione mediterranea, rigogliosa e ben conservata.